淀粉具有遇碘变蓝的特性，这是由淀粉本身的结构特点决定的。淀粉是白色无定形的粉末，通常由10％～30％的直链淀粉和70％～90％的支链淀粉组成。溶于水的直链淀粉借助分子内的氢键卷曲成螺旋状。如果加入碘酒，碘酒中的碘分子便嵌入到螺旋结构的空隙处，并且借助范得华力与直链淀粉联系在一起，形成了一种分子量较大的络合物，这种络合物能够比较均匀地吸收除了蓝光以外的其他可见光，因此使淀粉呈现出蓝色来。

在淀粉酶的作用下，淀粉可水解成麦芽糖、麦芽三糖（三个葡萄糖分子组成）和糊精（多个葡萄糖分子组成）。麦芽三糖遇碘不显色。糊精是淀粉部分水解的产物：初步水解的糊精分子仍较大，遇碘显紫蓝色；再水解得到较小的糊精，遇碘显红色，称红色糊精；如果水解成更小的糊精，遇碘不显色，称无色糊精。